ホウエンで起こった事件から一年。

ジョウトでは、ポケモン博士を目指す少年・ユウとポケモンマスターを目指す少女・ミアが旅に出ることに。

その途中、ひょんなことから記憶喪失の少年・ラツキに出会い、彼らの旅はそれぞれの過去やトラウマに関わるものになってしまう。

 

“BATTLE GENERATION'S”と名乗る組織に狙われるラツキ、過去のトラウマを笑って封じ込めるユウ。 そんな二人を心底心配しているミア。

三者三様の心の有り様に、次々と暴かれる真実。

 

明かされていくそれが、三人の絆に与えるものとは、果たして。

 第1話　君の夢、僕の夢。

 第2話　はじめまして、こんにちは。 

 第3話　隔たれた境界線 

 第4話　キミとボクの秘密の話 

 第5話　聞こえない、と塞ぐ耳 

 第6話　ハヤト 

 第7話　また僕は君を忘れる 

 第8話　現象を見つめる紅の瞳

 第9話　ツクシ 

 第10話 哀しみに堕ちるのは誰か 

 第11話 未来を願う 

 第12話 空に溶ける、きみの 

 第13話 さよなら、あの日の僕ら。

 第14話 アカネ 

 第15話 怖いのは、僕自身。 

 第16話 マツバ 

 第17話 君と僕の真実と現実。

 第18話 嘘吐き

 第19話 繰り返す懺悔の言葉

 第20話 シジマ

 第21話 ミカン

 第22話 紅い海に溺れる

 第23話 ヤナギ

 第24話 キミノコト。

 第25話 真実は歪みの中に。

 第26話 イブキ

 第27話 友結

 第28話 世の為人の為

 第29話 星空の下で…

 第30話 最終決戦①

 第31話 最終決戦②

 第32話 最終決戦③

 第33話 最終決戦④

 第34話 最終決戦⑤

 第35話 君との再会

 第36話

 第37話

 第38話 ありがとうという言葉

 第39話 バトっ子ミアちゃん

 最終話 それぞれの未来 

 

 

　――いつかまた、きみと出逢えたら。

　　　そんな未来を、僕は願っている。――