マサラタウンで暮らす無口な少年・ハルアは、ある日傷を負った少女を助ける。

　ヒジリ、と名乗った彼女はそのまま一人で再び旅立ってしまい、ハルアは彼女を追いかける形で故郷を発った。

　時を同じくして、「ロケット団」という悪の組織が表立って活動を始める。

　ハルアと合流した幼なじみのヒスイとカナを巻き込み、三人はロケット団との戦いに足を踏み入れていく。

 

 

　しかし、ヒジリは元々R団団員の両親を持ち、R団から脱走してきたという真実に三人の心が揺さぶられる。

 

　更にハルアの生き別れた双子の兄・ミネアが実の父親と義理の母を殺害したあと、R団事件による混乱の中行方不明になってしまったことも判明し、ハルアは目に見えて憔悴する。

 

 

　これ以上巻き込めないと判断したヒジリが単身R団本部に乗り込みに行ったことを知ったヒスイは、ハルアにバトルを持ちかける。

　ヒスイのお陰で立ち直ったハルアは、ヒジリの後を追ってR団本部へ駆けつける。

　しかしそこはもぬけの殻だった。

 

 

　その後、各地でR団が暴れているのをジムリーダーたちが抑えていると知ったハルアたちは、ジムリーダーが不在のトキワへ急行。

　そこは、まさしく戦場であった。

　燃える町、逃げ惑う人々。

　彼らを守るためにR団と戦っていたのは、ヒジリだった。

　ハルアたちはヒジリと合流し、町を守るための戦い……後に伝わる「トキワ攻防戦」を始めた。

 

 

　圧倒的な戦力不足の中、ハルアたちが諦めかけたその時。

　四天王を従えたチャンピオン・ワタルが援護に駆けつけた。

 

 

　ワタルたちの協力もあり、無事にトキワを守り抜いたハルアたち。

　悲惨な状態になってしまった町に胸を痛めるも、その場を四天王に任せ、ワタルと共に再度R団本部へ向かう。

 

 

　R団ボス・サカキとの戦い。

　ワタルはサカキの実の息子であり、サカキは「シルバー」という名の少女を探しているということが判明。

 

　辛くもサカキを倒し、R団は壊滅。

　復興が進む各地を見ながら、ヒジリは一人でどこかに行こうとする。

　しかしハルアはヒジリに傍にいてほしいとそれを引き留めた。

 

 

　かくして、R団が起こした事件は無事に終息したのであった。